דודי ירד לגנו לרעות בגנים – נושא השיר הוא האהבה בין האל לבין עמו, המיוצג כאן בדמות אישה. בבית הראשון ובבתים נוספים בשיר משתמש המשורר בשיבוצים מתוך שיר השירים, ספר שנושאו אהבה בין עלם לבחורה, וחכמי ישראל פירשוהו כאלגוריה בין אהבת האל לעמו, וגם ארץ ישראל כמושא תשוקת העם וכחיבור בינו לבין האל הוא נושא מרכזי בשיר. תחילתו של בית זה מהפסוק: "דּוֹדִי יָרַד לְגַנּוֹ לַעֲרֻגוֹת הַבֹּשֶׂם לִרְעוֹת בַּגַּנִּים וְלִלְקֹט שׁוֹשַׁנִּים" (שיר השירים ו,ב). לפי דרך האלגוריה, גנו של הדוד הוא בית המקדש שייבנה בארץ ישראל; לרעות בגנים – בגלויות. וללקוט שושנים – ללקט זכויות של עם ישראל. קול דודי דופק פתחי לי רעייתי – "קוֹל דּוֹדִי דוֹפֵק פִּתְחִי לִי אֲחֹתִי רַעְיָתִי יוֹנָתִי תַמָּתִי" (שיר השירים ה,ב). פתחי לי רעייתי – הוא מבקש ממנה להיעתר לו, אחרת הוא יסתלק. שערי ציון אשר אהבתי – לפי תהילים פז,ב: "אֹהֵב יְהֹוָה שַׁעֲרֵי צִיּוֹן מִכֹּל מִשְׁכְּנוֹת יַעֲקֹב".
אליך דודי נפשי אשא – הרעיה משתוקקת לדודה, על פי הפסוק: "אֵלֶיךָ יְהֹוָה נַפְשִׁי אֶשָּׂא" (תהילים כה,א). איך אשת נעורים היא גרושה – המשורר מתריס על קשיי הגלות, הוא מדמה את יחסי האל עם האומות כיחסי בעל ואישה, משום שמעמד האומות הנוצריות והמוסלמיות גבוה, ולעומת זאת יחסי האל לעמו הוא כיחס אדם לגרושתו, כלומר הזנחה. משום שעם ישראל מושפל בין העמים. הדימוי לקוח מנבואת ישעיהו "כִּי כְאִשָּׁה עֲזוּבָה וַעֲצוּבַת רוּחַ קְרָאָךְ יְהֹוָה וְאֵשֶׁת נְעוּרִים כִּי תִמָּאֵס אָמַר אֱלֹהָיִךְ" (נד,ו). מאז הייתי על ליבך חרושה – הייתי חרותה על ליבך מאז ומקדם, על פי הכתוב: "כְּתוּבָה בְּעֵט בַּרְזֶל בְּצִפֹּרֶן שָׁמִיר חֲרוּשָׁה עַל לוּחַ לִבָּם" (ירמיהו יז,א). ועתה המלכת אשת זנונים – כינוי לאומות העולם השולטות על עם ישראל, והביטוי לפי נבואת הושע: "קַח לְךָ אֵשֶׁת זְנוּנִים וְיַלְדֵי זְנוּנִים" (א,ב).
בתי אל תפחדי כי עוד אזכרך – האל מבטיח לעמו שהוא יזכור אותם. ומארץ רחוקה אקבץ פזורך – ויחזירם לארצם. עוד אבנך ונבנית – הבטחה על הגאולה, על פי הפסוק: "עוֹד אֶבְנֵךְ וְנִבְנֵית בְּתוּלַת יִשְׂרָאֵל" (ירמיהו לא,ג). ביופיך והדרך – כמו ימי הפאר וההדר שהיו לך בעבר. וגם אומנה את אחותי – שילוב של דברי אברהם לשרה: "אִמְרִי נָא אֲחֹתִי אָתְּ" (בראשית יב,יג), ושל דבריו לאבימלך: "וְגַם אָמְנָה אֲחֹתִי בַת אָבִי הִוא" (בראשית כ,יב). התואר "אחותי" מעיד על קרבה.
גדל כאבי כל עת אזכרה – אומנם הניקוד ב"שערי ציון" הוא גָּדַל, אך יש לנקד גָּדֵל, משום שלפי ההקשר הכאב ממשיך לגדול. איכה שפחה תירש גבירה – על פי הפסוק: "תַּחַת שְׂנוּאָה כִּי תִבָּעֵל וְשִׁפְחָה כִּי תִירַשׁ גְּבִרְתָּהּ" (משלי ל,כג). השפחה היא הגר אם ישמעאל, הדמות הטיפולוגית של ממלכות האיסלאם ששלטו באותו הזמן בארץ ישראל. הגבירה היא שרה, אם יצחק. התארים 'שפחה' ו'גבירה' מופיעים בסיפור עקרותה של שרה ונתינת שפחתה לאברהם לאישה (בראשית טז). והיא עתה מתנכרה – מתנכרת לבני הגבירה, עושה עצמה כאילו שאינה מכירה אותם. בשמחת עולם – היא שמחה ובטוחה שלנצח היא תמשול. ונטעי נעמנים – מנבואת ישעיהו: "עַל כֵּן תִּטְּעִי נִטְעֵי נַעֲמָנִים וּזְמֹרַת זָר תִּזְרָעֶנּוּ" (יז,י). והפירוש – נטעים טובים שצומחים היטב, ומשל הוא על אומות הישמעאלים שמצליחות לשגשג.
דעי, כי אחישנה עת רצון – על פי נבואת ישעיהו: "אֲנִי יְהֹוָה בְּעִתָּהּ אֲחִישֶׁנָּה" (ס,כב). האל מבטיח שיחיש את הגאולה כי הגיעה כעת שעת רצון מלפניו. ותשאבי מים חיים בששון – לפי הפסוק: "וּשְׁאַבְתֶּם מַיִם בְּשָׂשׂוֹן מִמַּעַיְנֵי הַיְשׁוּעָה" (ישעיהו יב,ג). לפי הדרש התורה נמשלה למים (תלמוד בבלי, בבא קמא פב ע"א). אשלח גדי עיזים מן הצאן – המשורר משלב את סיפור יהודה ותמר עם ההוראות ליום הכיפורים. תמר המחופשת לזונה, דורשת תמורה מיהודה, והוא עונה לה: "אָנֹכִי אֲשַׁלַּח גְּדִי עִזִּים מִן הַצֹּאן". אל ארץ גזרה ביד איש עיתי – בטקס יום הכיפורים הכוהן הגדול מתוודה על עוונות ישראל על ראש שעיר עיזים ומשלח אותו למדבר: "וְנָתַן אֹתָם עַל רֹאשׁ הַשָּׂעִיר וְשִׁלַּח בְּיַד אִישׁ עִתִּי הַמִּדְבָּרָה...  אֶל אֶרֶץ גְּזֵרָה" (ויקרא טז,כא-כב). איש עיתי – איש המזומן לאותה עת. והכוונה כאן היא שהאל מכפר על עוונות עמו וכך הם יכולים לשוב לארצם.
הה אדוני – הרעיה מתלוננת על דודה שאינו מכבדה. הקריאה הָהּ כקשורה לצער נמצאת בנבואת יחזקאל ל,ב: "הֵילִילוּ הָהּ לַיּוֹם". כי בִּזִּיתָנִי – צריך לנקד בְּזִיתָנִי כמו שמופיע ב"שערי ציון", וכך הוא בפסוק: "עֵקֶב כִּי בְזִתָנִי" (שמואל ב יב,י). ומשמיים ארץ השלכתני – השפלת אותי, כפי שנאמר באיכה ב,א: "הִשְׁלִיךְ מִשָּׁמַיִם אֶרֶץ תִּפְאֶרֶת יִשְׂרָאֵל". ביום קרה, מעדה בגד יעטני – מלשון החכם במשלי כה,כ: "מַעֲדֶה בֶּגֶד בְּיוֹם קָרָה חֹמֶץ עַל נָתֶר". מעדה – לשון עדי, תכשיט. יעטני – הלבישני. ופירוש הדברים: ביום קרה הוא הלביש אותי בבגד מקושט שאינו מועיל להתחמם בו. ואשר ביתי היה לבוש שנים – בעוד שבעבר הייתי מכוסה במלבושים יקרים. על פי הפסוק: "לֹא תִירָא לְבֵיתָהּ מִשָּׁלֶג כִּי כָל בֵּיתָהּ לָבֻשׁ שָׁנִים" (משלי לא,כא).
ואלבישך רקמה ושש אחבשך – הדוד עונה לרעיה שהוא ילבישה בבגדים יקרים; על פי נבואת יחזקאל טז,י: "וָאַלְבִּישֵׁךְ רִקְמָה וָאֶנְעֲלֵךְ תָּחַשׁ וָאֶחְבְּשֵׁךְ בַּשֵּׁשׁ וַאֲכַסֵּךְ מֶשִׁי". ומשבצות זהב על לבושך – עיטורי זהב על הבגדים, לפי תהילים מה,יד: "כָּל כְּבוּדָּה בַת מֶלֶךְ פְּנִימָה מִמִּשְׁבְּצוֹת זָהָב לְבוּשָׁהּ". ועטרת תפארת תהיה בראשך – לפי יחזקאל טז,יב: "וַעֲטֶרֶת תִּפְאֶרֶת בְּרֹאשֵׁךְ". ועל כל כבוד – מעל כל הכבוד שהדוד מכבד את הרעיה בבגדים מפוארים. יפה את רעייתי – יופייה בולט מעל הכול. על פי שיר השירים ו,ד: "יָפָה אַתְּ רַעְיָתִי כְּתִרְצָה".
זר טימא היכל קודשי – על פי הפסוק: "אֱלֹהִים בָּאוּ גוֹיִם בְּנַחֲלָתֶךָ טִמְּאוּ אֶת הֵיכַל קָדְשֶׁךָ" (תהילים עט,א). בני ציון היקרים לנבלי חרשי – על פי הפסוק: "בְּנֵי צִיּוֹן הַיְקָרִים הַמְסֻלָּאִים בַּפָּז אֵיכָה נֶחְשְׁבוּ לְנִבְלֵי חֶרֶשׂ מַעֲשֵׂה יְדֵי יוֹצֵר" (איכה ד,ב). נבל חרש הוא כד חרס פשוט וזול העשוי לקיבול נוזלים, הוא נחשב חסר ערך מכיוון שכאשר הוא נשבר, משליכים אותו לאשפה. ערו ערו יסוד מקדשי – ערו משורש ער"ה, בניין פיעל, בציווי במשמעות חשיפה, והכוונה לחשיפת יסודות המקדש, לפי הפסוק: "הָאֹמְרִים עָרוּ עָרוּ עַד הַיְסוֹד בָּהּ" (תהילים קלז,ז). עברו על נפשי מים הזידונים – דימוי לצרות הגלות, על פי הפסוק: "אֲזַי עָבַר עַל נַפְשֵׁנוּ הַמַּיִם הַזֵּידוֹנִים" (תהילים קכד,ה).
חץ יפלח סגור לבבם – של המציקים והאויבים, לפי הפסוק: "עַד יְפַלַּח חֵץ כְּבֵדוֹ" (משלי ז,כג) והפסוק: "וְאֶקְרַע סְגוֹר לִבָּם" (הושע יג,ח). תחת הנחושת אביא זהבם – במקום הנחושת ששדדו ממך האויבים, יחזירו לך זהב. על פי נבואת ישעיהו ס,יז: "תַּחַת הַנְּחֹשֶׁת אָבִיא זָהָב וְתַחַת הַבַּרְזֶל אָבִיא כֶסֶף". בנייך מרחוק – לפי הפסוק: "לְהָבִיא בָנַיִךְ מֵרָחוֹק כַּסְפָּם וּזְהָבָם אִתָּם" (ישעיהו ס,ט). עתרי בת פוצי יובילון מנחתי – ציטוט מנבואת צפניה ג,י, והכוונה לעם ישראל הנפוצים בגולה בארץ כוש ומתפללים אל האל ועותרים לו.
טהור אתה, לא אל חפץ רשע – לפי תהילים ה,ה: "כִּי לֹא אֵל חָפֵץ רֶשַׁע אָתָּה". עד אן לא תהיה צדיק ונושע – המשורר מתריס כלפי האל שהוא טהור ושונא רשע, אך אינו עושה צדק עם עמו בהשאירו אותם בגלות. המילים לפי הפסוק "וְאֵין עוֹד אֱלֹהִים מִבַּלְעָדַי אֵל צַדִּיק וּמוֹשִׁיעַ אַיִן זוּלָתִי" (ישעיהו מה,כא). ר' חיים שושנה תיקן בהוצאה שלו וכתב 'תָּבִיא' במקום "תִּהְיֶה", משום שהוא סבור שזהו "חירוף וגידוף". תשוב ותלבישני בגדי ישע, מעיל צדקה ורוב פנינים – תלבישני בבגדי ניצחון, לפי הפסוקים: "כִּי הִלְבִּישַׁנִי בִּגְדֵי יֶשַׁע מְעִיל צְדָקָה יְעָטָנִי" (ישעיהו סא,י); "יֵשׁ זָהָב וְרָב פְּנִינִים" (משלי כ,טו).
ידידות נפשי – עם ישראל מכונה "ידידות נפשי" גם בנבואת ירמיהו: "נָתַתִּי אֶת יְדִדוּת נַפְשִׁי בְּכַף אֹיְבֶיהָ" (יב,ז). מה תתאונני – על מה תתלונני. צדקך גם אהבתך לא נפלאת מני – לא נעלמו ממני תכונת הצדק והאהבה שלך כלפיי; הצורה "נפלאת" נמצאת בדברים ל,יא: "לֹא נִפְלֵאת הִוא מִמְּךָ". לכן מיום גלותך נדדתי אני – על פי המדרש, שלכל מקום שגלו ישראל, גלתה שכינה עמהם (מכילתא דרשב"י ג; בבלי מגילה כט ע"א). כציפור נודדת – הדימוי של הנודד לציפור מצוי במשלי כז,ח: "כְּצִפּוֹר נוֹדֶדֶת מִן קִנָּהּ כֵּן אִישׁ נוֹדֵד מִמְּקוֹמוֹ". עזבתי את ביתי – זהו החלק הראשון של הפסוק מירמיהו יב,ז שהובא בתחילת הבית: "עָזַבְתִּי אֶת בֵּיתִי נָטַשְׁתִּי אֶת נַחֲלָתִי". 
כלום יש הנאה מבשר חמורים – האהבה בין האל לעמו מדומה לאהבת בחור ועלמה, וכאשר האל בוחר להעלות את קרנם של עמים אחרים, המשורר מדמה זאת לבגידה ולמעשה אהבים עם זרים. העמים מדומים לחמור, לפי המדרש על הפסוק "שְׁבוּ לָכֶם פֹּה עִם הַחֲמוֹר" (בראשית כב,ה) – עַם הַדּוֹמֶה לַחֲמוֹר (מדרש תנחומא, וירא כג,א). ומכיוון שכך, יחסי האהבה איתם מדומים בהתאמה ליחסים עם חמורים, לפי דברי הנביא: "וַתַּעְגְּבָה עַל פִּלַגְשֵׁיהֶם אֲשֶׁר בְּשַׂר חֲמוֹרִים בְּשָׂרָם וְזִרְמַת סוּסִים זִרְמָתָם" (יחזקאל כג,כ). כי תשכח אהבת אשת נעורים – הבחירה בעמים האחרים מעידה שהאל שכח את עמו; לפי הפסוק: "וְאֵשֶׁת נְעוּרִים כִּי תִמָּאֵס" (ישעיהו נד,ו). לחצוב לך בורות כולם נשברים – המשורר הופך את תלונת האל על עמו בירמיהו ב,יג: "אֹתִי עָזְבוּ מְקוֹר מַיִם חַיִּים לַחְצֹב לָהֶם בֹּארוֹת בֹּארֹת נִשְׁבָּרִים אֲשֶׁר לֹא יָכִלוּ הַמָּיִם", וכך יוצא שהאל הוא שנטש את עמו. ואין בהם מים – בבורות. אך ראש פתנים – אלא רק רעל נחשים, לפי הפסוק: "וְרֹאשׁ פְּתָנִים אַכְזָר" (דברים לב,לד); והדימוי על פי המדרש על הפסוק "וְהַבּוֹר רֵק אֵין בּוֹ מָיִם" (בראשית לז,כד) – "מַה תַּלְמוּד לוֹמַר אֵין בּוֹ מָיִם? מַיִם אֵין בּוֹ, אֲבָל נְחָשִׁים וְעַקְרַבִּים יֵשׁ בּוֹ" (בבלי שבת כב ע"א).
לכן הצדיק אבד עקב נפילתך – על פי ישעיהו נז,א: "הַצַּדִּיק אָבָד וְאֵין אִישׁ שָׂם עַל לֵב...  כִּי מִפְּנֵי הָרָעָה נֶאֱסַף הַצַּדִּיק"; והכוונה היא שהצדיק הלך מן העולם כדי שלא יראה בנפילתך. התלמוד במסכת סנהדרין קיג ע"ב מצטט את הפסוק מישעיהו כדי לחזק את האמרה: "צַדִּיק נִפְטָר מִן הָעוֹלָם – רָעָה בָּאָה לְעוֹלָם". וימיני הושב אחור מרוב אהבתך – יד ימין היא סמל לעוצמה ולכוח, והאל אומר כאן שכוחו נחלש מרוב אהבתו אל כנסת ישראל. הדימוי מהפסוק באיכה ב,ג: "הֵשִׁיב אָחוֹר יְמִינוֹ מִפְּנֵי אוֹיֵב". לא נכנסתי בביתי מיום גלותך – ב"שערי ציון" הגרסא: בְּבַיִת, על פי שמואל א ז,ו: "כִּי לֹא יָשַׁבְתִּי בְּבַיִת לְמִיּוֹם הַעֲלֹתִי אֶת בְּנֵי יִשְׂרָאֵל מִמִּצְרַיִם"; וכוונת המשורר לגלות של האל מבית המקדש יחד עם גלות ישראל מארצו. לבל אראה ברעתי – על פי דברי משה אל האל: "וְאַל אֶרְאֶה בְּרָעָתִי" (במדבר יא,טו), והמפרשים מסבירים שדיבר הכתוב בלשון נקייה, כלומר התכוון לומר "ברעתם". לכן כאן הכוונה על פי זה יכולה להיות שהאל לא רוצה לראות ברעת עמו, שהגלה אותם מאדמתם.
מלכי, קנא לכבוד שכינתך – אחת מתכונות האל היא קנאה במובן קפדנות והענשה לרשעים: "כִּי יְהֹוָה אֱלֹהֶיךָ אֵשׁ אֹכְלָה הוּא אֵל קַנָּא" (דברים ד,כד). בעלונו אדונים זרים זולתך – רק האל משול לבעל של הרעיה, היא כנסת ישראל, ולכן אם זרים מושלים בה, הוא צריך להענישם; הציטוט מישעיהו כו,יג: "יְהֹוָה אֱלֹהֵינוּ בְּעָלוּנוּ אֲדֹנִים זוּלָתֶךָ לְבַד בְּךָ נַזְכִּיר שְׁמֶךָ". ובמקום מקדשך ונחלתך – במקום שעמד בית המקדש. שמו האשרים והחמנים – הפכו את המקום לבית עבודה זרה. המילה אשרים היא ריבוי של אשרה, האלה הכנענית, וחמנים הם מזבחות הקטורת בפולחן הכנעני, כמאמר הנביא: "בְּשׂוּמוֹ כָּל אַבְנֵי מִזְבֵּחַ כְּאַבְנֵי גִר מְנֻפָּצוֹת לֹא יָקֻמוּ אֲשֵׁרִים וְחַמָּנִים" (ישעיהו כז,ט).
נקם אלבש ושלהבתיה – בחמש הבתים הבאים הדובר הוא הדוד. דימוי האל כלובש בגדי נקם מופיע בנבואת ישעיהו: "וַיִּלְבַּשׁ בִּגְדֵי נָקָם תִּלְבֹּשֶׁת" (נט,יז). האל משיב לרעיה כנגד טענותיה שהוא אכן יעניש את אויביה. המשורר נטל את הדימוי הזה מנבואת ישעיהו, שפסוק אחר כך ממשיך: "כְּעַל גְּמֻלוֹת כְּעַל יְשַׁלֵּם חֵמָה לְצָרָיו גְּמוּל לְאֹיְבָיו". המילה "שלהבתיה" מופיעה רק בשיר השירים (ח,ו) במשמעות של אש עזה, ואומנם שם ההקשר הוא אהבה וכאן הענשת האויבים, אך הקישור לשיר השירים רומז גם לאהבת הדוד לרעיתו. ואשרוף בית הגוי – הגרסא ב'שערי ציון' וב'רוני ושמחי': עֲכּוּ"ם, ויתכן שמחברי שיר ידידות שינו את המילה בגלל המשקל או ההגייה (הגוֹי – חולם כמו ואשרוֹף). האל מבטיח לכנסת ישראל שישרוף את בית תפילתם של הגויים ששרפו את בית המקדש. ובית המצרייה – ב'שערי ציון' הגרסא: הַמִּצְרִית, ואכן כך נקראת אם האומה הישמעאלית: "הָגָר הַמִּצְרִית שִׁפְחַת שָׂרָה" (בראשית כה,יב); ההחלפה של 'שיר ידידות' למצרייה נבעה מהשיקול של החרוז בהמשך: וְשִׁבְיָה. אשכיר חיציי מדם חלל ושביה – הדם מדומה ליין, ולכן כאשר החיצים טובלים בדם האויב הדימוי שלהם בהתאם הוא שכרות. השיבוץ לקוח משירת משה בפרשת 'האזינו': "אַשְׁכִּיר חִצַּי מִדָּם וְחַרְבִּי תֹּאכַל בָּשָׂר מִדַּם חָלָל וְשִׁבְיָה" (דברים לב,מב). ותהי זאת נחמתי – שילוב של הפסוק בתהילים קיט,נ: "זֹאת נֶחָמָתִי בְעָנְיִי" עם הפסוק מאיוב ו,י: "וּתְהִי עוֹד נֶחָמָתִי".
סיפייך אבנה ושערייך ארים – אחרי הענשת האויבים מבטיח האל לרעיה שיבנה שוב את עירה, אולי הכוונה לשיקום ירושלים. הוא מבטיח לה שייבנה את סף הבית ואת השערים. ויסדתיך סביב סביב בספירים – מכאן המשורר משלב את דברי הנביא: "הִנֵּה אָנֹכִי מַרְבִּיץ בַּפּוּךְ אֲבָנַיִךְ וִיסַדְתִּיךְ בַּסַּפִּירִים" (ישעיהו נד,יא); ספיר היא אבן יקרה. ושמתי כדכוד שמשותייך מאירים – המשך נבואת ישעיהו: "וְשַׂמְתִּי כַּדְכֹד שִׁמְשֹׁתַיִךְ וּשְׁעָרַיִךְ לְאַבְנֵי אֶקְדָּח" (שם,יב). כדכוד היא אבן יקרה, ואיתה הוא יקשט את ה"שמשות", והכוונה לפריט אדריכלי שהיה בחומות. ובני היצהר – המוזכרים בנבואת זכריה ד,ד: "וַיֹּאמֶר אֵלֶּה שְׁנֵי בְנֵי הַיִּצְהָר הָעֹמְדִים עַל אֲדוֹן כָּל הָאָרֶץ", ושם הנביא מתכוון לזרובבל נשיא ישראל וליהושע הכהן הגדול, ששניהם נמשלו לזיתים והם הקימו מחדש את המקדש בעליית כורש. על ראש גיא שמנים – לפי דברי הנביא: "הוֹי עֲטֶרֶת גֵּאוּת שִׁכֹּרֵי אֶפְרַיִם וְצִיץ נֹבֵל צְבִי תִפְאַרְתּוֹ אֲשֶׁר עַל רֹאשׁ גֵּיא שְׁמָנִים הֲלוּמֵי יָיִן" (ישעיהו כח,א), ויתכן שהכוונה היא לעשרת השבטים.
עורי עורי לבשי בגדך ציון – הדוד מעודד את הרעיה ללבוש כביכול את בגדי "ציון", כלומר להתעטף בציון, על פי נבואת ישעיהו: "עוּרִי עוּרִי לִבְשִׁי עֻזֵּךְ צִיּוֹן לִבְשִׁי בִּגְדֵי תִפְאַרְתֵּךְ יְרוּשָׁלִַם עִיר הַקֹּדֶשׁ" (נב,א). כי בנייך אגאל עני ואביון – באמצעות המשיח שמתואר כעני ואביון בנבואת זכריה: "הִנֵּה מַלְכֵּךְ יָבוֹא לָךְ צַדִּיק וְנוֹשָׁע הוּא עָנִי וְרֹכֵב עַל חֲמוֹר" (ט,ט). עורי דברי שיר – לפי שירת דבורה: "עוּרִי עוּרִי דְּבוֹרָה עוּרִי עוּרִי דַּבְּרִי שִׁיר" (שופטים ה,יב). בבניין אפיריון – כינוי למקדש. השמיעיני קולך – לפי הפסוק: "הַשְׁמִיעִנִי אֶת קוֹלֵךְ כִּי קוֹלֵךְ עָרֵב וּמַרְאֵיךְ נָאוֶה" (שיר השירים ב,יד). תחת אהבתי – כנגד אהבתי, הציטוט במשמעות אחרת מתהילים קט,ד: "תַּחַת אַהֲבָתִי יִשְׂטְנוּנִי וַאֲנִי תְפִלָּה".
פני אל תשורי מראש אמנה – תראי את פני האל ממקום גבוה. כמובן הכוונה לראייה כחוויה מיסטית ורוחנית. הדימוי על פי שיר השירים ד,ח: "תָּשׁוּרִי מֵרֹאשׁ אֲמָנָה מֵרֹאשׁ שְׂנִיר וְחֶרְמוֹן". אמנה היא חלק מהרי מול הלבנון. ועין תשורך מראשית השנה – וכנגד זה ברכת האל תהיה עלייך. המשורר נטל את השיבוץ מדברים יא,יב: "אֶרֶץ אֲשֶׁר יְהֹוָה אֱלֹהֶיךָ דֹּרֵשׁ אֹתָהּ תָּמִיד עֵינֵי יְהֹוָה אֱלֹהֶיךָ בָּהּ מֵרֵשִׁית הַשָּׁנָה וְעַד אַחֲרִית שָׁנָה". וחמש הידות תהיה לך למנה – כלומר, תקבלי פי חמישה ממה שקיבלת. על פי הפסוקים: "וַתֵּרֶב מַשְׂאַת בִּנְיָמִן מִמַּשְׂאֹת כֻּלָּם חָמֵשׁ יָדוֹת" (בראשית מג,לד), "וְהֵנַפְתָּ אֹתוֹ תְּנוּפָה לִפְנֵי יְהֹוָה וְהָיָה לְךָ לְמָנָה" (שמות כט,כו). כן דודי ברוך בין הבנים – דברי הרעיה לפי הפסוק: "כְּתַפּוּחַ בַּעֲצֵי הַיַּעַר כֵּן דּוֹדִי בֵּין הַבָּנִים" (שיר השירים ב,ג), ורש"י מפרש על המקום: "בין הבחורים. והדוגמא: כן הקדוש ברוך הוא מכל האלהים נבחר".
צוף דבש יזוב אמרתך ושיחך – הדוד ממשיך ואומר שדברי הרעיה נעימים לו כמו דבש, על פי הפסוק במשלי טז,כד: "צוּף דְּבַשׁ אִמְרֵי נֹעַם מָתוֹק לַנֶּפֶשׁ וּמַרְפֵּא לָעָצֶם". תשכח ימיני אם אשכחך – על פי שבועת המשורר "אִם אֶשְׁכָּחֵךְ יְרוּשָׁלִָם תִּשְׁכַּח יְמִינִי" (תהילים קלז,ח). ולהעלות תמיד על רצון מזבחך – להעלות את זכרך כהמשך הפסוק לעיל: "אִם לֹא אַעֲלֶה אֶת יְרוּשָׁלִַם עַל רֹאשׁ שִׂמְחָתִי" (שם,ט), והכוונה שהאל מבטיח שיזכור להקים מחדש את המקדש, מקום המזבח. על משכבי בלילות ביקשתי – גם סיום בית זה הוא דברי הרעיה, על פי הפסוק בשיר השירים ג,א: "עַל מִשְׁכָּבִי בַּלֵּילוֹת בִּקַּשְׁתִּי אֵת שֶׁאָהֲבָה נַפְשִׁי".
קולך שמעתי – על פי הפסוק "וַיֹּאמֶר אֶת קֹלְךָ שָׁמַעְתִּי בַּגָּן" (בראשית ג,י), וכאן בנימת חיבה. מחמד עיני – אהובי, והביטוי קיים במלכים א כ,ו: "וְהָיָה כָּל מַחְמַד עֵינֶיךָ". אשאל מנשיקות פיהו ישקני – לפי הכתוב: "יִשָּׁקֵנִי מִנְּשִׁיקוֹת פִּיהוּ כִּי טוֹבִים דֹּדֶיךָ מִיָּיִן". ובימין חשקי תחבקני – ימינך שאני חושקת בה, היא תחבקני, לפי הפסוק: "שְׂמֹאלוֹ תַּחַת לְרֹאשִׁי וִימִינוֹ תְּחַבְּקֵנִי" (שיר השירים ב,ו; ח,ג), הרב שושנה ב'אעירה שחר' שינה מדעתו וכתב: "וִימִין חֶשְׁקוֹ" בניגוד לכל הגרסאות. נגילה בנאות דשא ומעיין גנים – לעתיד לבוא לפי שיר השירים ד,טו: "מַעְיַן גַּנִּים בְּאֵר מַיִם חַיִּים וְנֹזְלִים מִן לְבָנוֹן".
רעי, לכה נשכימה לכרמים – הרעיה מבקשת מדודה לקום מוקדם וללכת לכרמים, רמז לכמיהה לעלות לארץ ישראל. על פי שיר השירים ז,יב-יג: "לְכָה דוֹדִי נֵצֵא הַשָּׂדֶה נָלִינָה בַּכְּפָרִים. נַשְׁכִּימָה לַכְּרָמִים". גם הכינוי "רעי" על פי שיר השירים: "זֶה דוֹדִי וְזֶה רֵעִי בְּנוֹת יְרוּשָׁלִָם" (ה,טז). שם אתן את דודיי לך – אראה לך את אהבתי, הציטוט משיר השירים ז,יג. אהבת עולמים – אהבתי כלפיך היא אהבת עולמים, לפי הפסוק בירמיהו לא,ב: "וְאַהֲבַת עוֹלָם אֲהַבְתִּיךְ". כאח לי אשקך נגד כל העמים – אנשקך כמו אח, לפי שיר השירים ח,א: "מִי יִתֶּנְךָ כְּאָח לִי יוֹנֵק שְׁדֵי אִמִּי אֶמְצָאֲךָ בַחוּץ אֶשָּׁקְךָ גַּם לֹא יָבֻזוּ לִי", והכוונה שהיא תוכל להראות את אמונתה באל מול כל העמים. אנהגך אל בית אימי ואל חדר הורתי –  שילוב הפסוק "אֶנְהָגֲךָ אֲבִיאֲךָ אֶל בֵּית אִמִּי תְּלַמְּדֵנִי" (שיר השירים ח,ב) עם הפסוק "עַד שֶׁהֲבֵיאתִיו אֶל בֵּית אִמִּי וְאֶל חֶדֶר הוֹרָתִי" (שם ג,ד). 
שפתותייך כלה צוף יזובון – הדוד משבח את הרעיה, על פי הפסוק "נֹפֶת תִּטֹּפְנָה שִׂפְתוֹתַיִךְ כַּלָּה" (שיר השירים ד,יא). ועינייך יונים לב ייטיבון – הוא מדמה את יפי עיניה ליונים לפי הפסוק "הִנָּךְ יָפָה רַעְיָתִי הִנָּךְ יָפָה עֵינַיִךְ יוֹנִים" (שיר השירים א,טו). שני שדייך – על פי שיר השירים ד,ה: "שְׁנֵי שָׁדַיִךְ כִּשְׁנֵי עֳפָרִים תְּאוֹמֵי צְבִיָּה", וכאן זה סמל למקור של רצון ישאבון – רצונו וחסדו של האל. שפע חסדי דוד הנאמנים – על פי הפסוק "וְאֶכְרְתָה לָכֶם בְּרִית עוֹלָם חַסְדֵי דָוִד הַנֶּאֱמָנִים" (ישעיהו נה,ג). אותן השבועות וההבטחות שהבטיח האל לדוד, וחסדים אלה "נאמנים", כלומר קיימים לעד.
תבענה שפתיי כי אזמרה לך – שפתותיי מבקשות לשיר לכבודך. שילוב הפסוקים "תַּבַּעְנָה שְׂפָתַי תְּהִלָּה" (תהילים קיט,קעא) עם "תְּרַנֵּנָּה שְׂפָתַי כִּי אֲזַמְּרָה לָּךְ" (תהילים עא,כג). ידידות נפשי וליבי אחרייך הלך – אהבתי אלייך היא אהבת הנפש והלב. לפי הפסוק: "נָתַתִּי אֶת יְדִדוּת נַפְשִׁי בְּכַף אֹיְבֶיהָ" (ירמיה יב,ז). אהבת נעורים זכרתי לך – לפי נבואת ירמיהו: "זָכַרְתִּי לָךְ חֶסֶד נְעוּרַיִךְ אַהֲבַת כְּלוּלֹתָיִךְ" (ב,ב). לכן בואי שכבי עימי אחותי – בואי לחסות תחת כנפיי, ולפי הקבלה זהו רמז לזיווג בין כנסת ישראל לקב"ה. המילים מדברי אמנון לתמר: "וַיֹּאמֶר לָהּ בּוֹאִי שִׁכְבִי עִמִּי אֲחוֹתִי" (שמואל ב יג,יא).
מור ואהלות בגדייך – בגדייך ספוגים בריחות של מיני בשמים. "מֹר וַאֲהָלוֹת קְצִיעוֹת כָּל בִּגְדֹתֶיךָ" (תהילים מה,ט). נרד וכרכום שמנייך – סוגים נוספים של בשמים, לפי הפסוק: "נֵרְדְּ וְכַרְכֹּם קָנֶה וְקִנָּמוֹן עִם כָּל עֲצֵי לְבוֹנָה מֹר וַאֲהָלוֹת עִם כָּל רָאשֵׁי בְשָׂמִים" (שיר השירים ד,יד). צרור המור בין שדייך – כלי שמכיל בושם. לפי הפסוק: "צְרוֹר הַמֹּר דּוֹדִי לִי בֵּין שָׁדַי יָלִין" (שיר השירים א,יג), והמפרשים על אתר מסבירים באלגוריה שהכוונה לשכינה השורה בין שני בדי הארון. פאר וכבוד כל עדתי – לפי הפסוק: "הֲשִׁמּוֹתָ כָּל עֲדָתִי" (איוב טז,ז), והכוונה היא שכל עדת ישראל בהיותם נוהים אחר האל, הרי הם ראויים לפאר וכבוד.
תען לשוני שיר בסוד ישרים – אלו דברי המשורר לפי הפסוקים: "תַּעַן לְשׁוֹנִי אִמְרָתֶךָ" (תהילים קיט,קעב); "אוֹדֶה יְהֹוָה בְּכָל לֵבָב בְּסוֹד יְשָׁרִים וְעֵדָה" (תהילים קיא,א), וכוונתו לומר ששירו הוא על פי תורת הסוד. עת ישמח ישראל עם אשת נעורים – כשיהיה איחוד אלוהי עם כנסת ישראל, לפי הפסוק: "יִשְׂמַח יִשְׂרָאֵל בְּעֹשָׂיו" (תהילים קמט,ב). הדימוי של ישראל לאשת נעורים מצוי כבר בספרי הנבואה: "כִּי כְאִשָּׁה עֲזוּבָה וַעֲצוּבַת רוּחַ קְרָאָךְ יְהֹוָה וְאֵשֶׁת נְעוּרִים כִּי תִמָּאֵס אָמַר אֱלֹהָיִךְ" (ישעיהו נד,ו). והיכל תיווסד בראש ההרים – בניית המקדש היא הציפייה הגדולה של אחרית הימים: "וְהָיָה בְּאַחֲרִית הַיָּמִים נָכוֹן יִהְיֶה הַר בֵּית יְהֹוָה בְּרֹאשׁ הֶהָרִים וְנִשָּׂא מִגְּבָעוֹת וְנָהֲרוּ אֵלָיו כָּל הַגּוֹיִם" (ישעיהו ב,ב). בשערי ציון נעוף כיונים – השיבוצים מהפסוקים: "אֹהֵב יְהֹוָה שַׁעֲרֵי צִיּוֹן מִכֹּל מִשְׁכְּנוֹת יַעֲקֹב" (תהילים פז,ב); "מִי אֵלֶּה כָּעָב תְּעוּפֶינָה וְכַיּוֹנִים אֶל אֲרֻבֹּתֵיהֶם" (ישעיהו ס,ח). היונים הן דימוי לעם ישראל השב מהגלות אל ביתו.
חלו גיבורי כוח אחיי ולאומי – חלו בבניין פיעל במשמעות התחננו. גיבורי כוח הם הצדיקים, לפי הפסוק: "בָּרֲכוּ יְהֹוָה מַלְאָכָיו גִּבֹּרֵי כֹחַ עֹשֵׂי דְבָרוֹ" (תהילים קג,כ). המשורר פונה אל אחיו מבני עמו הצדיקים שיתחננו אל האל. יומם ולילה לאל אל תיתנו דומי – דומי הוא הפסקה, לפי הפסוק: "עַל חוֹמֹתַיִךְ יְרוּשָׁלִַם הִפְקַדְתִּי שֹׁמְרִים כָּל הַיּוֹם וְכָל הַלַּיְלָה תָּמִיד לֹא יֶחֱשׁוּ הַמַּזְכִּרִים אֶת יְהֹוָה אַל דֳּמִי לָכֶם" (ישעיהו סב,ו). וכוונת המשורר: אל תפסיקו להתפלל לאל לא ביום ולא בלילה. יבנה ציון ויכנס נדחי עמי – המשורר מתפלל שהאל יבנה את ירושלים ויעלה את הגולים לארצם. לפי הפסוק: "בּוֹנֵה יְרוּשָׁלִַם יְהֹוָה נִדְחֵי יִשְׂרָאֵל יְכַנֵּס" (תהילים קמז,ב). מארבע כנפות אל בית חמדתי – מארבע כנפות תבל אל בית המקדש, לפי הפסוק: "וְאָסַף נִדְחֵי יִשְׂרָאֵל וּנְפֻצוֹת יְהוּדָה יְקַבֵּץ מֵאַרְבַּע כַּנְפוֹת הָאָרֶץ" (ישעיהו יא,יב).
כבוד ה' בתוכה למופת ולאות – העמים סביב עם ישראל יראו את כבוד ה' בתוך ירושלים כמופת, לפי הפסוק: "וַאֲנִי אֶהְיֶה לָּהּ נְאֻם יְהֹוָה חוֹמַת אֵשׁ סָבִיב וּלְכָבוֹד אֶהְיֶה בְתוֹכָהּ" (זכריה ב,ט). האש חומה ארוכה סביב להראות – אש תקיף את ירושלים כחומה, כך שהיא תיראה למרחוק. נא חיש גואלנו אדון הנפלאות – המשורר מתחנן לאל שימהר את הגאולה. הכינוי "אדון הנפלאות" לפי הפסוק: "כִּי גָדוֹל אַתָּה וְעֹשֵׂה נִפְלָאוֹת אַתָּה אֱלֹהִים לְבַדֶּךָ" (תהילים פו,י). הושיעה ימינך – ימין היא היד החזקה, ולפי הפסוק בתהילים: "לְמַעַן יֵחָלְצוּן יְדִידֶיךָ הוֹשִׁיעָה יְמִינְךָ וַעֲנֵנִי" (ס,ז). בירח האיתנים – הוא חודש תשרי, לפי הפסוק: "בְּיֶרַח הָאֵתָנִים בֶּחָג הוּא הַחֹדֶשׁ הַשְּׁבִיעִי" (מלכים א ח,ב), ובמדרש כתוב שאיתנים הוא כינוי לאבות האומה: "רַבִּי אֱלִיעֶזֶר אוֹמֵר: מִנַּיִן שֶׁבְּתִשְׁרִי נוֹלְדוּ אָבוֹת – שֶׁנֶּאֱמַר: ״וַיִּקָּהֲלוּ אֶל הַמֶּלֶךְ שְׁלֹמֹה כׇּל אִישׁ יִשְׂרָאֵל בְּיֶרַח הָאֵיתָנִים בֶּחָג״, יֶרַח שֶׁנּוֹלְדוּ בּוֹ אֵיתָנֵי עוֹלָם" (תלמוד בבלי, ראש השנה יא ע"א).